Cùng với chùa Tây Phương và Chùa Hương, Chùa Thầy là một trong những ngôi chùa nổi tiếng nhất Hà Nội. Nếu như Chùa Láng gắn liền với giai đoạn đầu của cuộc đời Từ Đạo Hạnh, thì chùa Thầy lại chứng kiến quãng đời sau cùng cho đến ngày thoát xác của vị sư thế hệ thứ 12 thuộc dòng Thiền Ti-ni-đa-lưu-chi này.

Ban đầu chùa Thầy chỉ là một am nhỏ gọi là Hương Hải am, nơi Thiền sư Từ Đạo Hạnh trụ trì. Vua Lý Nhân Tông đã cho xây dựng lại gồm hai cụm chùa: chùa Cao (Đỉnh Sơn Tự) trên núi và chùa Dưới (tức chùa Cả, tên chữ là Thiên Phúc Tự). Đầu thế kỷ 17, Dĩnh Quận Công cùng hoàng tộc chăm lo việc trùng tu, xây dựng điện Phật, điện Thánh; sau đó là nhà hậu, nhà bia, gác chuông. Theo thuyết phong thủy, chùa được xây dựng trên thế đất hình con rồng. Phía trước chùa, bên trái là ngọn Long Đẩu, lưng chùa và bên phải dựa vào núi Sài Sơn. Chùa quay mặt về hướng Nam, trước chùa, nằm giữa Sài Sơn và Long Đẩu là một hồ rộng mang tên Long Chiểu hay Long Trì (ao Rồng). Sân có hàm rồng.